Barlastvattenkonventionen tillämpas inte på fartyg som endast trafikerar områden under en stats jurisdiktion, t.ex. inom Sveriges sjöterritorium och ekonomiska zon. Ett fartyg som normalt går exklusivt i nationell fart men som behöver avvika och t.ex. gå till varv i annat land kommer då att omfattas av konventionen och måste ha certifikat, barlastvattenhanteringsplan, dagbok och tillämpa konventionens krav i övrigt.