Registerhållningsavgift är den årliga avgiften för att ha ett fartyg registrerat i fartygsregistret. Fakturan skickas till den som står som registrerad ägare den 1 januari varje år. Om det är flera ägare skickas fakturan vanligtvis till den som står överst på registerutdraget.

Registerhållningsavgiften finansierar driften av fartygsregistret.